Организационная структура движения построена в соответствии с Уставом Общероссийского общественного движения «Экосфера».

Высшим руководящим органом Движения является Конференция, которая созывается один раз в пять лет. Решение о проведении Конференции принимает Правление Движения. Внеочередная Конференция может быть созвана по решению Правления Движения, либо по письменному требованию Контрольно-Ревизионной комиссии или по письменному требованию не менее 2/3 региональных отделений Движения.

В период между Конференциями руководство Движением осуществляет постоянно действующий коллегиальный руководящий орган – Правление Движения, избираемое Конференцией. Количественный состав, порядок избрания и отзыва членов Правления Движения определяется Конференцией.

Председатель Правления Движения осуществляет общее руководство деятельностью Движения, несет ответственность за выполнение решений Конференции и Правления Движения возглавляет Правление Движения.

Контрольно-Ревизионная комиссия Движения является контрольно-ревизионным органом Движения. Количественный состав, порядок избрания и отзыва членов Контрольно-Ревизионной комиссии определяется Конференцией. Контрольно-Ревизионная комиссия Движения избирается Конференцией для контроля за состоянием финансово-хозяйственной и уставной деятельности Движения.